中央新風系統按照氣流組織，可分為單向流中央新風系統和雙向流中央新風系統，以及熱回收中央新風系統。不同的氣流組織在性能和特點上均有所不同，對于使用場所也有大講究。

單向流新風系統為強制排風、自然進風，它主要由風機、進風口、排風口及各種管道和接頭組成。它分為正壓和負壓，一個是強制給室內送風，一個是強制給室內排風。當新風機從排風口把室內空氣抽到室外，這時就會產生氣壓不平衡，為了填補室內氣壓，室外的空氣從門縫或者別的通風口進入，將室外的新鮮空氣帶進室內，從而達到通風換氣的作用。

單向流新風系統結構簡單，室內沒有復雜的管道，成本較低。如果不配備專用的新風過濾設備，室外空氣就會帶著粉塵、污染物等進入室內，與開窗通風換氣沒有多大差別。因此單向流通風系統是不完善的新風系統，在室外氣象條件不好或者室外空氣品質不好的地區不適合使用。

雙向流新風系統為強制排風、強制送風，在雙向流系統的設計中排風主機與室內排風口的位置與單向流分布基本一致，不同的是雙向流系統中的新風是由新風主機送入。新風主機通過管道與室內的空氣分布器相連接，新風主機不斷的把室外新風通過管道送入室內，以滿足人們日常生活所需新鮮、有質量的空氣。排風口與新風口都帶有風量調節閥，通過主機的動力排與送來實現室內通風換氣。

雙向流新風系統，新鮮空氣的氣流組織可以自由設計，還可以按照需要安置各種空氣處理設備，適合各種對新風品質有特殊要求的場合。室內處于微正壓狀態，有效隔絕通過門、窗縫隙進入的污濁空氣。它相較于單向流系統處理能力更強大一些。

單向流和雙向流新風系統主要區別在于是否有全熱回收功能，它能夠使室內維持在一個恒定的舒適區域。